日本花园历史悠久，受神道、佛教和道教哲学思想的影响。进入日本花园希望的是与大自然相连从而实现平静之感。每个日本花园的设计都含有三个主要元素：石头，也就是景观的“脊柱”；水，是赋予生命的动力；和植物，是四季的织锦。其他重要的元素包括石灯、水盆、乔木和小桥。

最初的五个园林
波特兰日本花园在5.5公顷的原始区域内打造了五个风格迥异的园林。这五个园林都以非对称而设计，以理想化形式反映自然。对人体尺度的考虑贯穿始终，使游客感觉到置身于环境但并不为其所制服。

池塘漫步园
这是园内最大的园林。潺潺流水连接着上、下两个池塘。上池塘的特色为月亮桥，下池塘则有天籁瀑布印衬下，穿过一片日本鸢尾花的弯曲小桥。

茶园
茶园是默默反思大自然之美和与之和谐共处的地方。精心摆设的铺垫石和灯笼照明的小路穿过乡野花园，直达位于茶园中心的正宗茶馆。

沙石园
该园是1960年由TakumaTono教授设计的。当时禅宗佛教在美国鲜为人知，且知之甚少。他受到源于两千年印度神话 Jataka Sutra 佛祖前世化身的启发。这个故事记载在奈良法隆寺内的彩绘画屏和其他佛教文物中，描述佛祖为拯救身陷沟壑的饥饿母虎和虎仔所处的进退两难的困境。佛祖舍身拯救饥饿动物是走上觉悟之途的慈悲训教。

扁平园
扁平园要从单一的角度来观赏。从亭子里向外观看，由滑动门构成视角，或从外向里观看，由阳台构成视角。花园的设计特意反映出四季独特的美感。带花边的日本枫树有上百年历史，它代表秋季；而哭泣的樱桃树则代表春季；黑松柏象征着冬季而夏季则由耕耙过的沙石代表清凉的“水”。一片白沙石中的圆型和葫芦型岛则象征着启示和幸福。

自然园林
建造自然园林的目的是为了让游客休息并反思生命的本质和短暂瞬间。它是原始五个园林中最具现代性的。它以 zoki no niwa 风格而建，植入了很多传统日本园林罕见的植物。主要是藤枫，它是美国西北部土生土长的灌木。自然园林以落叶植物为主，来反映季节变化。

新建的园林
2017年波特兰日本花园增添了三个新建的园林。这是50年来园内首次扩建。所有空间都是波特兰日本花园馆长定文内山与隈研吾设计师合作的成果。

入口园林
进入日本花园前，映入眼帘的一系列池塘欢迎游客的到来。仿佛他们在跨越太平洋后登岸，继续行走在蜿蜒曲折的石阶小路上，穿过天然生长在茂密的原始森林中高耸入云的冷杉和雪柏树。这一环节让游客心平气和，振作精神，继续前往山上的花园参观。

庭院园林
游客徒步或搭乘大巴上山后，抵达新建造的文化村。在院子中央，游客会看到现代日本花园风格，庭院园林。在这赏心悦目的环境里，给大家带来了象征的、有机的“缓冲”。这个小城市花园占实际面积极少，但它涵括了日本花园的每一基本要素：石、水和植物。它悄然地把自然作为文化村的焦点。

爱丽山盆景阶梯
人类用手、自然和时代创造美和寓意的艺术是日本园林的核心。盆景集中凝聚了这一艺术，渲染了自然、时代和人类携手并进时的令人信服的效果。这一传统园林艺术首次在波特兰日本花园亮相，不同季节会展出不同的盆景。